El iPod mini se conecta a una computadora a través de un cable especial que es provisto junto con el aparato. El cable posee dos conectores distintos, uno se conecta al iPod y el otro es un conector USB que se conecta a la PC. La conexión se realiza mediante USB 2.0 aunque también existe la posibilidad de adquirir un cable FireWire (IEEE 1394).
Al igual que el resto de los iPod, este modelo utiliza el programa iTunes de Apple, el cual es provisto en el CD que se incluye con el dispositivo, como medio para organizar y sincronizar las canciones entre el iPod y una PC con Windows o una Mac con OS X. El iTunes un programa que permite organizar y reproducir tu colección de música y también funciona como interfase para acceder a la tienda virtual iTunes music store, la cual se encuentra disponible en España pero todavía no esta disponible en ningún país de Latinoamérica.
El programa es muy fácil e intuitivo y a la vez provee suficientes funciones. En cierta forma se maneja de forma similar a la interfaz del iPod.
Al conectar el dispositivo al computador se copiará de forma automática la colección de música completa de la PC al iPod, sin embargo se puede configurar de forma que solo sean transferidas una o más playlists seleccionadas. Cada vez que se conecte el dispositivo se transferirán las canciones que se hayan agregado, manteniendo el iPod actualizado. Durante la actualización no solo se transferirán canciones, sino que también se copiaran playlists y podcasts.
El iPod mini puede utilizarse como un disco externo, para poder hacerlo, es necesario habilitar esta función mediante el iTunes. Una vez habilitada, al conectar el aparato a un computador, será reconocido por el sistema operativo como un disco USB (iPod usb mass storage), de la misma forma que se detectan pen drives. Al utilizar esta característica, la capacidad de almacenamiento se compartirá entre la colección de música y los archivos de datos.
Al acceder al iPod como si fuese un disco se puede observar que existen un número de carpetas predefinidas que son utilizadas para almacenar, los archivos de contactos, calendario y notas.
Calidad de sonido
La principal función de este aparato es la reproducción de archivos de música digitalizados. Puede reproducir archivos en formato MP3, AAF, WAV, Audible y Apple Lossless.
La calidad del sonido reproducido es excelente y es otra de las principales fortalezas de este iPod. La calidad, por supuesto, varía según el nivel de compresión que tenga el archivo en cuestión, pero con archivos MP3 de 160Kbps o más es difícil percibir la diferencia con respecto a un reproductor de CDs.
El ipod ofrece además un sistema de ecualizador y permite seleccionar entre 22 configuraciones diferentes ya definidas.