Las primeras versiones beta de iOS 9.3 eliminaron una función primordial del Apple Pencil, eliminando la posibilidad de ser utilizado para navegar. Algunos rumores señalaron que esta acción fue intencional, pero en una entrevista con The Verge, Apple señaló que la modificación no fue intencional y que las próximas versiones beta de iOS 9.3 recuperarán esta función.
Según las declaraciones de Apple, la compañía está trabajando en mejoras sobre esta función. La compañía declaró que el dedo siempre será el modo principal de navegación en un iPad, pero entienden que a algunos usuarios les gusta usar el Apple Pencil para realizar esta función, y por lo tanto están trabajando para mejorar el funcionamiento, recuperando esta función en el próximo beta de iOS 9.3.
Desde el lanzamiento del primer iOS 9.3 beta, el Apple Pencil no puede ser utilizado para seleccionar texto, realizar scrolling, cambiar de aplicaciones, acceder a menús o funciones de edición generales en aplicaciones que no sean de dibujo.
Muchos usuarios se han quejado sobre estos cambios, e inclusive manifestaron que si ésta iba a ser una modificación definitiva, no actualizarían sus sistemas operativos.