Paralelamente al lanzamiento del iOS 6 Apple anunció la disponibilidad de una nueva versión de varias aplicaciones iOS en la App Store. Entre ellas se incluye: GarageBand, Keynote, Numbers, iPhoto, iMovie, Cards, Find My Friends, Find My iPhone, iTunes U, Podcasts, iTunes Movie Trailers y Remote. La mayoría de estas aplicaciones se actualizaron para ser compatibles con el iOS 6, pero también se les ha hecho otras modificaciones.
GarageBand, por ejemplo, es ahora compatible con la creación de alertas/ringtones personalizados y permite también importar música desde la librería. Además la aplicación permite reproducir y grabar pistas mientras se usan otras aplicaciones. Por su parte la aplicación Find My Friends ahora permite señalar favoritos, incorpora sugerencias de amigos, y posee alertas relacionadas a la ubicación. Find My iPhone incluye un modo Lost (perdido), un indicador de batería y "forever login," que mantiene a los usuarios conectados (logged in) mientras se encuentre habilitadas las contraseña.
Los Podcasts pueden ahora subirse a la nube iCloud para sincronizarse y se puede restringir la instancia de descarga al los momentos en que se tiene señal Wi-Fi. Las nuevas versiones de iMovie e iPhoto son sustancialmente distintas. La primera de estas aplicaciones incluye tres tipos de trailers, la posibilidad de editar audio por canales -disponible en el iPad- y la posibilidad de subir videos con una resolución 1080p. Mientras que el iPhoto ahora es compatible con el iPod touch, se puede usar con imágenes de hasta 36.5 megapixels y permite importar imágenes en su resolución original mediante el sistema iTunes File Sharing. Otra de las ventajas de la nueva versión es la posibilidad de crear álbumes con Tags personalizados, inclinar y rotar el efecto gradiente y además incluye una mayor cantidad de opciones para compartir tus imágenes.
Vale la pena aclarar que algunas de las nuevas versiones requieren del iOS 6.