En septiembre de 2006 Apple actualizo toda la línea de iPod y lanzó la segunda generación del iPod shuffle. El iPod shuffle 2G es un reproductor diminuto que pesa solo 15.5 gramos y se ofrece en modelos con capacidad de almacenamiento de 1GB ó 2GB. El diseño de este shuffle es muy distinto al de la generación anterior, posee un cuerpo de aluminio, un diseño compacto más delgado y no tan alargado, e incluye un clip integrado que permite enganchar este reproductor de cualquier prenda o correa. Los controles de este iPod shuffle son similares a los de su predecesor, una serie de botones dispuestos en forma de rueda para controlar la reproducción y dos interruptores uno para encender y apagar el iPod y otro para seleccionar el modo de reproducción entre continuo y aleatorio (shuffle).
Uno de los cambios de este iPod shuffle con respecto a la generación anterior es la eliminación del conector USB. El iPod shuffle de segunda generación se conecta a una computadora para su sincronización y carga de batería mediante una base dock utilizando el conector de auriculares.
iPod shuffle de colores
A partir de enero de 2007 se comenzó a ofrecer el iPod shuffle de segunda generación en cinco colores: rosa, verde, azul, naranja y el de color plata original. El resto de las características se mantienen sin cambios incluyendo la capacidad de almacenamiento de 1GB. A fines de febrero de 2008 Apple bajó el precio del iPod shuffle y añadió un modelo con una capacidad de 2GB